Gravitácia Jupitera má na slnečnú sústavu nesmierny vplyv aj napriek tomu, že sa s gravitáciou Slnka nedá porovnávať. Vďaka veľkej vzdialenosti od Slnka však Jupiter spolu s ďalšími plynnými obrami dokážu dostať ťažisko obehu planét mimo Slnka. Jupiter pravdepodobne mohol za to, že sa v pásme asteroidov nesformovala nijaká planéta a jeho hmota preriedla. A Jupiter možno môže aj za to, že terestrické planéty nebombardujú asteroidy a kométy tak často, ako by mohli. Jeho obrovská gravitácia totiž priťahuje tieto telesá prednostne k sebe. Presvedčiť sme sa o tom mohli práve pred tridsiatimi rokmi, keď sme v priamom prenose (oneskorenom len vinou konečnej rýchlosti svetla) mohli pozorovať, ako na Jupiter dopadá Kométa Shoemaker-Levy 9 alebo SL9.

Táto kométa, formálne označená ako D/1993 F2, bola neperiodická kométa. Jej dopad na planétu v roku 1994 predstavoval prvú možnosť priamo pozorovať zrážku dvoch telies slnečnej sústavy. Bola to tiež prvá pozorovaná kométa, ktorá obiehala Jupiter.

Kométu objavili v rámci systematického hľadania blízkozemských telies manželia Eugene a Carolyn Shoemakerovci a David Levy na fotografii z 23. marca 1993. Snímka bola vytvorená 45-centimetrovým Schmidtovým teleskopom na Palomar Observatory. Neskoršie snímky ukázali, že ide o množstvo úlomkov sprevádzaných prachovou stopou. Kométu roztrhal Jupiter svojou slapovou silou, keď okolo neho prelietala 7. júla 1992 vo vzdialenosti 21 000 km.

Kométa Shoemaker-Levy 9 na rozdiel od väčšiny komét neobiehala okolo Slnka, ale okolo Jupitera po dobu asi štvrť storočia po veľmi excentrickej dráhe. Úlomky kométy roztrhanej slapovou silou planéty začali dopadať do Jupiterovej atmosféry 16. júla 1994. Posledný z nich dopadol 22. júla 1994. Miesta dopadu boli na južnej pologuli. Počet úlomkov dosiahol vyše 20 a mali rôznu veľkosť. Tie väčšie boli odhadované na 0,5 až 3 km a ich kolízna rýchlosť predstavovala približne 60 km/s. Dopad úlomkov sledovali Hubblov kozmický ďalekohľad aj ďalekohľady Keck a tiež kozmická sonda Ulysses, ktorá slúžila na výskum Slnka. Sonda Galileo, prvá sonda, ktorá mala obiehať okolo Jupitera, bola, žiaľ, v tom čase ešte iba na ceste k planéte, ktorú mala dosiahnuť o rok a pol neskôr. Napriek tomu sa aj ona zo vzdialenosti 238 miliónov km pridala k snímkovaniu dopadu.

V miestach dopadu vytryskli z atmosféry Jupitera plyny, neskôr sa v oblastiach dopadu vytvorili tmavé škvrny, ktoré boli pozorovateľné takmer rok. Najmohutnejší bol dopad fragmentu označeného písmenom G, ktorého kinetická energia 6 miliónov megaton trinitrotoluénu ďaleko presahuje celosvetové zásoby jadrových zbraní. O mnoho rokov neskôr sa vďaka teleskopu Herschel zistilo, že na južnej pologuli Jupitera sa nachádza dvakrát až trikrát viac vody ako na severnej pologuli a to prevažne v oblasti, kam kométa narazila. Je teda takmer isté, že túto vodu priniesla na Jupiter ona.

Odhaduje sa, že podrobná zrážka sa na Jupiteri prihodí raz za niekoľko tisícročí. Preto je prekvapivé, že už v roku 2009 sa na Jupiteri objavila tmavá škvrna, ktorá je zrejme tiež dôsledkom zrážky Jupitera s veľkým telesom, ktoré však nebolo pred impaktom pozorované.