Predchádzajúci dielPosádka otvorila nákladový priestor, pričom ho najprv skúšobne uzavrela, až potom ho otvorila definitívne. Následne aktivovala radiátory v jeho dverách a na treťom obehu si vyzliekla skafandre.
Tretí let raketoplánu do vesmíru prinášal ďalšie problémy. Veliteľ raketoplánu trpel závažnými prejavmi kinetózy – zdravotnými problémami z bezváhového stavu prejavujúcimi sa predovšetkým nevoľnosťou. Trpel ňou aj pri svojom prvom lete do vesmíru. Neskôr spomínal, že určitými problémami s aklimatizáciou na vesmírne prostredie trpí každý astronaut. Fulleton sa tiež obával, že by musel let predčasne skončiť rovnako ako predošlý a on by mohol trpieť závratmi počas náročného zostupu. Našťastie sa predčasný návrat nekonal.
Riadiace stredisko kvôli Fulletonovej nevoľnosti zmiernilo tempo prác posádky, ktoré sa mali týkať najmä previerky tepelných vlastností raketoplánu v rozličných režimoch letu, upresňovanie správania sa družicového stupňa pri štarte a pristávaní, ďalšie skúšky manipulačného ramena a vedecké experimenty. Na druhý deň už Fulleton hlásil, že sa cíti dobre. V zariadeniach experimentov sa však tiež vyskytlo niekoľko nedostatkov. Čo viac, po prvom odpočinku čakalo posádku ďalšie nepríjemné prekvapenie – dlaždice tepelnej ochrany chýbali aj pred oknami pilotnej kabíny. Riadiace stredisko navrhlo obhliadnuť tepelný štít kamerami na manipulačnom ramene raketoplánu, ktorých skúšky boli beztak súčasťou letového plánu. Tie však s jedinou výnimkou všetky zlyhali, alebo sa ich ani nepodarilo aktivovať. Aj tá jediná kamera s obmedzenými možnosťami prieskumu povrchu tepelného štítu však našla dohromady 50 chýbajúcich dlaždíc tepelnej ochrany. Našťastie však iba na miestach, ktoré neboli pri pristátí príliš tepelne namáhané. Šťastné pristátie napriek týmto poškodeniam svojou troškou prispievalo k presvedčeniu technikov, že kvôli poškodeniam tepelného štítu počas letu sa netreba znepokojovať. Toto presvedčenie sa však jedného dňa stane Columbii osudným.
Aspoň tepelné testy raketoplánu prebiehali uspokojivo a stroj sa celkovo správal veľmi stabilne. 25. marca dobre prebehla aj skúška, počas ktorej pilot zachytil manipulačným ramenom detektor plazmy, sedem hodín s ním pokusne hýbal a napokon ho usadil späť na lôžko v nákladovom priestore. Tento experiment jednak testoval vlastnosti samotného manipulátora a jednak umožňoval merať vplyvy raketoplánu na okolitú riedku plazmu.
Zvyšok letu na orbite trvajúceho približne týždeň už prebiehal bez väčších problémov. Prebehli ešte dva testy manipulačného ramena raketoplánu a dve skúšobné uzavretia a následné otvorenia dverí do nákladového priestoru. Vedcov potešilo, že spotreba elektrickej energie na palube bola nižšia, ako sa predpokladalo, čo dávalo možnosť do budúcna vykonávať aj energeticky náročnejšie experimenty. Posádku raketoplánu zase vzpružilo, že pri pokusnom zapnutí deň pred plánovaným pristátím sa už všetky tri hydraulické čerpadlá správali normálne.
Problémy však začalo robiť počasie. Nad White Sands sa pomaly vyvíjala piesková búrka. Príprav na pristátie sa zúčastňoval aj John Young, prvý veliteľ raketoplánu v histórii, vtedy už veliteľ tímu astronautov. Ten nasadol do upraveného lietadla (Gulfstreamu 2), ktoré slúžilo na simuláciu pristávania raketoplánu, aby overil možnosť bezpečného pristátia v Novom Mexiku. Výsledok ho neuspokojil, preto odporučil odložiť pristátie o jeden deň. Raketoplán mohol zotrvať na orbite ešte štyri dni, no počasie sa nezlepšovalo, a tak NASA začala uvažovať, že by raketoplán po prvý raz spustila na pristávaciu dráhu na Floride – budúcu hlavnú pristávaciu dráhu raketoplánov. Popoludní 30. marca sa však počasie umúdrilo. Young po sérii cvičných pristátí odporučil posádke pristátie na White Sands.
Pristátie už prebiehalo bezproblémovo, až na záverečnú fázu, keď kvôli veliteľovmu zásahu dopadol nos raketoplánu na Zem príliš prudko. Nemalo to však žiadne následky. Raketoplán v rámci testov vôbec nebrzdil a jeho dojazd bol teda veľmi dlhý – až 4 518 metrov.
Napriek všetkým ťažkostiam sa misia STS-3 vyhlásila za veľký úspech. Takmer štvornásobne prekročila predošlé doby trvania letu s raketoplánom, prebehli počas nej úspešné testy s manipulačným ramenom raketoplánu, ktorý po prvý raz pracoval so skutočným nákladom, a vyniesla prvý prototyp Spacelabu.