Popri prípravách viacerých krajín na návrat Halleyho kométy sa americké raketoplány pekne rozbiehali. V roku 1985 pribudol do ich flotily najmladší – Atlantis, čím sa počet orbiterov dočasne zavŕšil. Vykonávali vedecké misie, vypúšťali sondy a satelity, častokrát vojenské. Počet ich štartov za rok však zostával hlboko pod pôvodnými a aj neskoršími triezvejšími predpokladmi. Prevádzka týchto strojov bola zároveň nad očakávania drahá. Jediná požiadavka na raketoplány, v ktorej naplnenie množstvo ľudí verilo, bola ich bezpečnosť, a to i napriek tomu, že posádky sa pri niektorých misiách ocitali len kúsok od katastrofy. Blížil sa dátum, kedy hranicu katastrofy prekročia.

Nezanedbávala sa ani veda. Okolo Zeme krúžilo prvé infračervené observatórium IRAS, v halách sa testoval už prakticky dokončený Hubblov vesmírny ďalekohľad. Budovali sa aj ďalšie observatóriá, ktoré mali rapídne rozšíriť naše poznatky o vesmíre. Astronómom veľkú radosť spravila aj s európskou raketou Ariane štartujúca družica Hipparcos, ktorá priniesla nevídane presné údaje o státisícoch hviezd.

28. január 1986 sa zapísal do histórie zrejme najznámejšou tragédiou pri dobývaní kozmu. Po niekoľkonásobnom odložení štartu raketoplánu Challenger na jeho desiatu misiu už manažment odmietol počúvať technikov, ktorí vyrobili jeho štartovacie motory, a povolil štart za nebezpečne nízkych teplôt. Konštrukčná chyba, o ktorej sa síce dávno vedelo, ale nič sa s ňou nerobilo, a mráz spolu s vetrom sa spojili s katastrofickým výsledkom. Challenger 73 sekúnd po štarte explodoval. Jeho sedemčlenná posádka vrátane civilistky, učiteľky Christy McAuliffeovej, nemala šancu na prežitie. Tragédia znamenala pozastavenie letov raketoplánov po dobu vyšetrenia príčin nehody a bezpečnostných zmien na raketoplánoch. Postavil sa náhradný piaty orbiter menom Endeavour. Družice a sondy, ktoré mali raketoplány v najbližších rokoch vyniesť do kozmu, museli čakať.

Len pár týždňov po tomto nešťastí sa Sovietskemu zväzu podaril triumf – vypustenie prvého bloku svojej revolučnej modulárnej stanice Mir. V tom čase ešte dosluhovala posledná stanica programu Saľut. Zároveň sa za porovnateľné vývojové náklady ako v USA vyvíjal sovietsky raketoplán, ktorý mal Mir obsluhovať. Hoci na prvý pohľad jeho koncept veľmi pripomínal americký, mal mnohé zásadné technologické rozdiely, ako napríklad vynášanie raketou (nebol súčasťou svojej nosnej rakety ako americký raketoplán), či schopnosť vykonať celý let v bezpilotnom režime. Jeho prvý štart preto nemusel byť ohrozujúci pre posádku. Absolvoval ho 15. 11. 1988. Žiaľ, napriek skvelému výsledku tohto testovacieho letu bol tento štart zároveň aj jeho posledným.

Sondy Vega boli pri Halleyovej kométe úspešné, rovnako ako aj napríklad európska Giotto. Vegy tiež ako posledné sovietske sondy úspešne skúmali aj Venušu. Oveľa menej šťastia už mali sovietske sondy nového programu Fobos, ktorý bol zameraný najmä na výskum väčšieho z dvoch mesiačikov Marsu. Jedna sonda nevyslala vôbec žiadne dáta, druhá toho stihla iba málo, kým sa tiež definitívne odmlčala. Následne záujem o výskum planét a iných telies slnečnej sústavy zo strany Sovietskeho zväzu a neskôr Ruska prudko poklesol.

Na americkej strane sa obežné dráhy plnili kozmickými observatóriami, napríklad COBE, ROSAT a v roku 1990 konečne i Hubblov vesmírny ďalekohľad. Napriek tomu, že jeho štart sa odkladal až štyri roky a za tú dobu technici vykonávali jeho ďalšie testy, už od začiatku svojej práce vykazoval niekoľko závažných chýb. Najznámejšia bola nepresné vybrúsenie hlavného zrkadla. Túto chybu so všetkou slávou opravila posádka prvého údržbárskeho letu raketoplánu k Hubblovi, ktorý preto odštartoval skôr, ako sa očakávalo – 2. 12. 1993. Sonda Voyager 2 v roku 1989 dosiahla ďalší míľnik, keď ako prvá a doposiaľ jediná skúmala poslednú planétu slnečnej sústavy, Neptún.

Stanica Mir sa medzičasom rozšírila o tri ďašie moduly. Mir prekonal aj rozpad Sovietskeho zväzu, čo sa ale nedalo povedať o programe jeho zásobovacieho raketoplánu, ktorý bol v roku 1993 ukončený. Výmenu posádok tak naďalej vykonávali iba Sojuzy. Americká strana sa zase stále nedostala k vypúšťaniu vlastnej modulárnej stanice. Každá mocnosť mala niečo, čo tá druhá chcela – jedna raketoplány, druhá modulárnu stanicu. Rozhodli sa teda spojiť sily a tak vznikol program Shuttle-Mir, v ktorom bude stále sa rozrastajúcu ruskú stanicu príležitostne zásobovať a člena posádky vymieňať americký raketoplán (vo väčšine prípadov Atlantis). Z paluby raketoplánu tiež zamierili k svojim cieľom významné sondy Magellan (kompletné zmapovanie povrchu Venuše), Galileo (prvá umelá družica plynnej planéty – Jupitera), Ulysses (sonda Slnka) a gama observatórium Compton GRO. No armádna družica už od nehody Challengera nevzlietla z raketoplánu žiadna. Vznikal aj koncept Medzinárodnej vesmírnej stanice vychádzajúci z amerických plánov na modulárnu stanicu, ku ktorým sa v roku 1991 pridali Kanada, Japonsko, ESA a od roku 1993 aj Rusko.

Pokračovanie